Os primeiros moradores da ilha de Morro de São Paulo foram os índios Aymorés e Guerés. Em 1531, Martim Afonso de Sousa desembarcou nestas terras sob a jurisdição da capitania de São Jorge dos Ilhéus. Jorge de Figueiredo Correa que recebeu a propriedade de D.João III, e designou o tenente espanhol Francisco Romero para a colonização do arquipélago que, no dia 29 de junho de 1535, dia de São Pedro e São Paulo, funda a vila e batiza com o nome de Morro de São Paulo. 

Morro de São Paulo protegia a chamada "barra falsa da Baía de Todos os Santos",entrada estratégica para o Canal de Itaparica até o Forte de Santo Antônio (atual Farol da Barra);e o canal de Tinharé era essencial no escoamento da produção dos principais centros para o abastecimento da capital, Salvador. A importância geográfica da ilha durante o período colonial justifica a riqueza de monumentos históricos, hoje protegidos pelo Patrimônio Histórico Nacional.

O Arquipélago de Tinharé compreende as vilas (distritos) de Morro de São Paulo, Canavieiras, Torrinhas, Tapuias, Garapuá, Galeão, Gamboa, Zimbo, São Sebastião (Cova de Onça) , Boipeba e a cidade sede administrativa do município, Cairu. Dentre elas, há as mais povoadas e relativamente mais “desenvolvidas” e outras, menos habitadas e com pouco fluxo turístico.